O início da organização da categoria deu-se em torno de uma associação, fundada pelos 20 primeiros despachantes, que escolheu Antonio Suplicy como presidente.
O primeiro endereço da entidade, foi à Rua João Adolfo, 118 – 7º andar, sala 706, e o presidente na época era Silvio Gouveia. A história dos despachantes aduaneiros de São Paulo foi construída sem sobressaltos e com muito trabalho. Prova disso é  nunca ocorreu nenhum movimento de paralisação ou de desagravo junto aos clientes ou ao Governo Federal. Além disso, a categoria sempre se comportou de maneira apolítica, apesar de atuar diretamente com o consórcio de exportação e de importação normatizados pelo Ministério da Fazenda.
O status da profissão foi estabelecido no ano de 1946 pelo então presidente da República Eurico Gaspar Dutra, que nomeou interinamente 20 despachantes que na época, atuavam junto à Estação Aduaneira de Importação Aérea de São Paulo, um departamento do Ministério da Fazenda.

Nos anos 60, a base territorial de atuação foi ampliada para Campinas e em 1985 nova extensão da base territorial incluiu o município de Guarulhos, quando da inauguração do aeroporto de Cumbica.
O perfil da categoria nos dias de hoje é caracterizado por intensa concorrência, tendência reforçada por um Decreto de 1988 que ampliou as possibilidades para nomeação de despachantes, somando-se a isso, as frequentes mudanças ocorridas no âmbito do comércio exterior, principalmente as relativas ao restabelecimento do livre comércio com outros países, exigindo dos profissionais constantes mudanças, sobretudo as ligadas à especialização.
A partir de 7 de outubro de 1996 o Sindicato dos Despachantes Aduaneiros de São Paulo, Campinas e Guarulhos passa a atender em sua nova sede, à Av. Paulista, 1337 – 22 º andar, o que constituiu-se em uma das maiores vitórias da categoria, no primeiro ano de gestão de sua atual diretoria.